수원청개구리 (Hyla (Dryophytes) suweonensis Kuramoto)

◎ 생김새 : 몸의 길이가 25~40mm로 한국에 서식하는 개구리 중 가장 작다. 등은 초록색을 띠지만 진한 초록색이나 흑갈색을 띤 불규칙한 무늬를 가지고 있는 것이 특징이다.

◎ 서식지 : 주로 평지에 있는 관목이나 풀잎 위에서 서식하며 말라죽은 나무에서 동면을 한다.

◎ 먹이 : 주로 곤충과 같은 절지동물을 섭식한다.

◎ 번식 : 대개 5월에서 7월에 번식한다.

◎ 분포 : 한국의 고유종으로 강화, 평택, 파주, 음성, 천안, 아산 등의 지역에서 서식이 확인되고 있으나 2012년 5월 31일 멸종위기야생동물 I급으로 지정되어 보호 받고 있으며 2014년 세계자연보전연맹 (IUCN)의 적색목록에도 포함되었다.


그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191125_232530.png 원본 그림의 크기: 가로 1028pixel, 세로 757pixel

▣ 국    명: 수원청개구리

▣ 영    명: Suweon-tree frog

▣ 학    명: Hyla suweonensis

▣ 지정번호: 멸종위기야생동물 I급

▣ 계    통: 양서강-무미목-청개구리과

1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.17 / 3마리

- 채 집 자: 서울대학교 민미숙


2) 채집현황 및 샘플처리

수원청개구리 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.30

2 EA

2 EA (몸통)

2 EA (내장)

-

3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

수원청개구리

65.3

11.7

577.3

8.2

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Dryophytes 속 유전자원

Hyla suweonensis 유전자원 

Nucleotide

2,581

196

Protein

1,508

150

Genome

2

1

Gene

50

37


5) Sequencing 분석 결과

 - Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

169,600,636 

169,600,636 

339,201,272 

Number Of Bases

 

 

21,369,680,136 

21,369,680,136 

42,739,360,272 

error correction

Number Of Reads

 

 

161,523,082 

159,313,522 

320,836,604 

Number Of Bases

 

 

18,810,528,520 

18,410,014,455 

37,220,542,975 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

307,777,452 

Number Of Bases

 

 

 

 

35,940,123,938 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

13,059,152 

Number Of Bases

 

 

 

 

1,280,419,037 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

2,386,625 

2,386,625 

302,758 

42,061 

1,866 

Number Of Bases

668,192,717 

668,192,717 

228,066,795 

54,836,871 

4,476,961 

Avg. Scaffold Size

279 

279 

753 

1,303 

2,399 

N50 Scaffold Size

364 

364 

739 

1,255 

2,297 

N80 Scaffold Size

178 

178 

576 

1,081 

2,097 

N90 Scaffold Size

126 

126 

536 

1,038 

2,042 

largest Scaffold Size

5,914 

5,914 

5,914 

5,914 

5,914 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

63,439,777 

3,643,748 

93,857 

3,389 

44 

Number Of Bases

3,072,785,570 

676,644,137 

60,518,687 

4,050,130 

106,903 

Avg. Contig Size

48 

185 

644 

1,195 

2,429 

N50 Contig Size

42 

193 

622 

1,155 

2,223 

N80 Contig Size

33 

124 

538 

1,046 

2,061 

N90 Contig Size

32 

110 

518 

1,020 

2,013 

Largest Contig Size

5,328 

5,328 

5,328 

5,328 

5,328 

 

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

Region1

Region2

Region3

Region4

Total

raw data

Number Of Reads

116,457,440 

116,457,440 

9,406,614 

9,406,614 

251,728,108 

Number Of Bases

14,673,637,440 

14,673,637,440 

1,185,233,364 

1,185,233,364 

31,717,741,608 

error correction

Number Of Reads

114,954,921 

113,749,442 

8,995,241 

8,870,687 

246,570,291 

Number Of Bases

14,272,528,339 

14,087,354,291 

1,101,410,323 

1,082,508,754 

30,543,801,707 

pair reads

Number Of Reads

 

226,547,382 

 

17,547,462 

244,094,844 

Number Of Bases

 

28,122,222,192 

 

     2,152,123,166

30,274,345,358 

single reads

Number Of Reads

 

2,156,981 

 

    318,466

2,475,447 

Number Of Bases

 

237,660,438 

 

        31,795,911

269,456,349 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

133,584 

133,584 

29,564 

13,534 

4,633 

Number Of Bases

60,692,315 

60,692,315 

38,761,572 

27,592,745 

15,254,131 

Avg. Scaffold Size

454 

454 

1,311 

2,038 

3,292 

N50 Scaffold Size

847 

847 

1,583 

2,173 

3,255 

N80 Scaffold Size

256 

256 

816 

1,361 

2,399 

N90 Scaffold Size

166 

166 

640 

1,172 

2,181 

largest Scaffold Size

28,871 

28,871 

28,871 

28,871 

28,871 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

1,836,259 

185,405 

28,561 

10,203 

2,408 

Number Of Bases

163,179,459 

62,590,624 

30,190,736 

17,524,641 

6,919,325 

Avg. Contig Size

88 

337 

1,057 

1,717 

2,873 

N50 Contig Size

91 

471 

1,157 

1,733 

2,773 

N80 Contig Size

50 

190 

691 

1,230 

2,241 

N90 Contig Size

47 

147 

586 

1,110 

2,114 

Largest Contig Size

11,703 

11,703 

11,703 

11,703 

11,703 

(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

수원청개구리 

DNA

42,739,360,272 

37,220,542,975 

　

RNA

31,717,741,608

30,543,801,707 

　



(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

수원청개구리

23

26,457,699,216

190

139,251,048 

243.59


B. 반복서열

-  시퀀싱이 완료된 수원청개구리 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 3,389

 

sequences: 9,723

total length: 4,050,130 bp (4,050,130 bp excl N/X-runs)

 

total length: 16,747,459 bp (16,747,459 bp excl  N/X-runs)

GClevel: 41.73%

 

GC level: 46.44%

bases masked: 7,336bp ( 0.18%)

 

bases masked: 9,020 bp ( 0.05%)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

4

515 bp

0.01%

 

SINEs:          

3

138 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

 

 

MIRs      

1

35 bp

0.00%

LINEs:          

27

3,080 bp

0.08%

 

LINEs:          

26

2,953 bp

0.02%

 

LINE1     

19

2,121 bp

0.05%

 

 

LINE1     

9

1,251 bp

0.01%

 

LINE2     

3

564 bp

0.01%

 

 

LINE2     

4

900 bp

0.01%

 

L3/CR1    

4

334 bp

0.01%

 

 

L3/CR1    

8

565 bp

0.00%

LTRelements:   

7

1,469 bp

0.04%

 

LTRelements:   

13

1,784 bp

0.01%

 

ERVL      

1

557 bp

0.01%

 

 

ERVL      

1

83 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

1

52 bp

0.00%

 

ERV_classI 

4

527 bp

0.01%

 

 

ERV_classI 

9

686 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNAelements:   

13

1,638 bp

0.04%

 

DNAelements:   

18

4,091 bp

0.02%

 

hAT-Charlie 

3

670 bp

0.02%

 

 

hAT-Charlie 

3

1,421 bp

0.01%

 

TcMar-Tigger

6

446 bp

0.01%

 

 

TcMar-Tigger

6

1,280 bp

0.01%

Unclassified:   

1

40 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

6,742 bp

0.17%

 

Total interspersed repeats:

 

8,966 bp

0.05%

Small RNA:

8

839 bp

0.02%

 

Small RNA:

2

120 bp

0.00%

Satellites:

2

207 bp

0.01%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%




D. Mito-genome Map

그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드1.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel



(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

수원청개구리

185

49

7

-

-

-

-

-

-

241


B. 바코드서열

>수원청개구리(Hyla suweonensis)

GGGATAGTTGGCACTGCCCTCAGCCTCCTAATTCGAGCAGAACTTAGCCAGCCTGGTTCC

CTTCTGGGTGATGACCAGATCTACAATGTTATCGTAACAGCCCATGCCTTTGTTATAATT

TTCTTCATAGTAATACCAATTCTAATCGGGGGCTTCGGCAACTGACTAGTTCCTTTAATA

ATCGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCACGAATAAACAATATAAGCTTTTGGCTTCTTCCA

CCATCTTTTCTTCTTCTTCTAGCGTCAGCCGGAGTCGAAGCAGGAGCTGGAACAGGATGA

ACCGTCTACCCCCCGCTTGCCGGAAATCTGGCCCACGCCGGACCATCCGTTGACTTAACT

ATTTTCTCTCTTCACCTAGCAGGGGTTTCTTCGATTTTAGGCGCCATTAATTTTATCACC

ACAATCCTCAATATAAAACCCCCGTCAATAACACAATACCAAACACCCCTCTTTGTGTGA

TCCGTTCTCATTACTGCCGTACTGCTTCTCTTATCCCTTCCAGTCTTAGCAGCAGGAATC

ACTATACTGCTCACTGATCGAAACTTAAACACAACATTCTTTGACCCAGCAGGAGGAGGA



그림입니다.